Spoiler Alert!!! Berikut Alur Cerita Game Wolfenstein: The New Order

Memperpanjang perang melalui sumber yang tidak diketahui, Nazi telah berhasil mengembangkan dan menerapkan teknologi baru dengan tingkat yang sangat maju, memungkinkan mereka untuk dengan cepat membalikkan keadaan melawan Sekutu. Di ambang dominasi penuh Nazi secara global, pada Juli 1946, agen William "B.J." Blazkowicz, ditemani oleh pilot veteran Skotlandia Fergus Reid dan Prajurit Probst Wyatt III yang tidak berpengalaman, mengambil bagian dalam serangan besar-besaran Sekutu terhadap sebuah benteng besar di pantai Laut Baltik, yang dilaporkan sebagai tempat persembunyian dan laboratorium senjata yang dijalankan oleh musuh bebuyutannya. Jenderal Wilhelm "Deathshead" Strasse.
Ketika upaya penyusupan gagal, ketiganya terpojok dan ditangkap oleh Deathshead dan Prajurit Supernya, di mana Blazkowicz dihadapkan pada pilihan moral yang sulit: antara Fergus dan Wyatt, dia harus memilih salah satu dari mereka untuk dikorbankan untuk eksperimen sakit musuh bebuyutannya atau dia akan membuat semua orang di ruangan itu terbunuh. Setelah kematian rekan setim yang dipilih (walaupun di luar layar), Deathshead mengatur insinerator ruangan untuk membakar dan membunuh mereka semua, meskipun Blazkowicz dan sekutu yang tersisa berhasil menyusun rencana pelarian dan melarikan diri dari ruangan sebelum meledak. Dalam ledakan berikutnya, pecahan logam menghantam bagian belakang kepala Blazkowicz, membuatnya lumpuh dan vegetatif saat ia terjun ke air di bawah.
Setelah selamat dari musim gugur, Blazkowicz dibawa ke rumah sakit jiwa di tempat yang dulunya adalah Polandia di mana ia tetap dalam keadaan vegetatif, dirawat oleh kepala perawat rumah sakit jiwa Anya Oliwa dan orang tuanya yang menjalankan fasilitas tersebut. Blazkowicz menyaksikan orang tua Anya dipaksa untuk menyerahkan pasien kepada otoritas Nazi, yang menganggap mereka tidak manusiawi karena kecacatan mereka. Pada tahun 1960, empat belas tahun setelah pengakuan Blazkowicz, Nazi memerintahkan suaka ditutup, membunuh semua pasien dan mengeksekusi keluarga Anya ketika mereka melawan. Blazkowicz terbangun dari keadaan vegetatifnya saat dia akan dieksekusi, membunuh regu pemusnahan dan melarikan diri dari rumah sakit jiwa bersama Anya.
Blazkowicz dan Anya pergi ke pertanian kakek-neneknya, di mana mereka memberitahu dia bahwa Jerman Hitler telah memenangkan perang dengan memaksa Amerika Serikat untuk menyerah pada tahun 1948 dengan menggunakan senjata nuklir dan bahwa anggota Perlawanan berikutnya ditangkap. Blazkowicz menginterogasi seorang perwira yang ditangkap dari rumah sakit jiwa, mengetahui bahwa para anggota utama Perlawanan dipenjarakan di Berlin.